Validation des paires de régions

La comparaison par les marches aléatoires ne garantit pas une similitude des séquences, mais seulement une similitude de leur composition en base.

Validation par un algorithme d'alignement

Global (Needleman et Wunsch)
- Conservation des frontières des régions définies lors de la phase d'extension
Local (Smith et Waterman)
- Réduction des frontières des régions aux parties les plus similaires.
Longues régions (Chao)