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Recherche de
duplications en tandem
Rechercher une duplication en tandem revient à rechercher deux régions similaires situées sur le même chromosome et distante d'au plus un certain seuil.
Limiter la constitution des graines à des couples de segments strictement identiques dont la position sur le chromosome considéré est comprise entre un seuil minimal et un seuil maximal, le reste de l'algorithme étant inchangé.
Application à la recherche des pieds de transposon.