Localiser les paires de régions similaires

• Objectifs

  • Localiser les régions comportant des similitudes de séquences nucléiques indépendamment de leur nature
    • Disposer d'un outil logiciel permettant de les identifier
      • Approche macroscopique:
        • Deux régions sont considérées comme similaires si elles vérifient une propriété globale.
        • MUMer, Chromosome hybride,...
    • Approche microscopique:
      • Deux régions sont considérées comme similaires si après alignement elles ont un pourcentage d'identité et une longueur supérieurs à des seuils fixés
      • Blast, Fasta, ...