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Voisinage des graines
Une graine dans sa définition actuelle
- Un motif de k nucléotides contigüs et identiques commun aux deux régions.
Une graine nouvelle formule
- Un motif de k nucléotides contigüs commun aux deux régions mais avec i<k substitutions admises mais pas de gap
- Voisinage d'une graine
- Toutes les graines comportent au plus i substitutions par rapport à la graine de référence.
- Exemple :
La constitution des paires est réalisée par constitution des couples appartenant au voisinage de la graine
- On n'impose plus une stricte identité mais une forte conservation des coeurs des régions similaires