La connaissance des régions d'un génome présentant des similitudes de séquences est nécessaire dans plusieurs problèmatiques en biologie, par exemple pour comprendre la manière dont les génomes se sont architecturés au cours de l'évolution. La localisation de ces régions requiert des outils logiciels adaptés tel qu'ASSIRC. Ce logiciel s'appuie sur un algorithme en trois étapes: identification de points d'ancrage entre paires de régions suceptibles d'intégrer une similitude de séquences, détermination des frontières de ces régions et validation par alignement. Nous présenterons les possibilités et limites de cette approche ainsi qu'une adaptation de l'algorithme à en environnement de calcul distribué.
Rechercher des similitudes de séquences restent cependant une opération lourde, surtout si l'on s'intéresse à des regions de petites tailles ou à des faibles similitudes. Une banque de données SIMCOGEN est en cours d'élaboration et recence toutes les paires de régions similaires identifiées au sein de génomes complètement séquencés. Elle a été notamment utilisée pour l'étude des duplications dans les régions subtélomèrique de Sacchromices cerevisiae.
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