Exogean est un logiciel destiné à annoter des structures de gènes dans de l’ADN génomique eucaryote

Au contraire de la plupart des programmes de prédiction de gènes "ab initio", qui utilisent des modèles statistiques entraînés sur des structures de gènes connues, Exogean utilise explicitement la même expertise (des règles) que les biologistes lorsqu’ils annotent des gènes. Par conséquent, Exogean ne contient pas de modèle statistique, mais est conçu comme un cadre pour représenter les objets biologiques (exons, transcrits, etc) et les règles que l’on doit utliliser pour les manipuler. Ce cadre est basé sur des multigraphes acycliques orientés colorés, une représentation robuste qui permet de modéliser de manière intuitive le raisonnement des experts humains. Exogean a participé au concours EGASP’05, où 20 programmes de prédiction de gènes devaient identifier les structures de gènes codant les protéines dans les régions ENCODE du génome humain, et Exogean a été classé premier.

Exogean est le résultat d’une collaboration entre Sarah Djebali (Dyogen Lab, IBISC Lab), Franck Delaplace (IBISC Lab) et Hugues Roest Crollius (Dyogen Lab).

Exogean a été présenté lors de la défense de la thèse de Sarah Djebali (Dyogen Lab, IBISC Lab), qui a eu lieu le vendredi 22 septembre 2006 à l’Ecole Normale Supérieure de Paris.

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