Recherche avec fasta

LE PROGRAMME D’ALIGNEMENT FASTA

Il existe plusieurs façons de lancer le programme fasta en ligne de commande :

Saisie interactive

Seul le nom du programme est entré sur la ligne de commande. Un questionnaire où sont passés les paramètres est alors proposé.

exemple : fasta

Saisie avec paramètres

Les paramètres sont saisis impérativement après le nom de la commande La commande d’execution de fasta est du type :

programme fichier banque [options…]

ou :
- programme est un des 7 programmes fasta possibles

fasta3, fasta3_t compare une séquence protéique ou nucléique avec une banque similaire
tfasta3, tfasta3_t compare une séquence protéique à une banque nucléique traduite ’au vol’
fastx3, fastx3_t compare une séquence nucléique traduite en orientations forward et reverse à une banque protéique
tfastx3, tfastx3_t compare une séquence protéique à une banque nucléique, en calculant les similarités avec les décalages de lecture et dans les deux orientations
fasty3, fasty3_t compare une séquene nucléique à une banque protéique, en comparant la séquence nucléique traduite dans les deux orientations
tfasty3, tfasty3_t compare une séquence protéique à une banque nucléique, en calculant les similarités avec les deux orientations
ssearch3, ssearch3_t compare une séquence protéique ou nucléique en utilisant l’algorithme de Smith-Waterman

- fichier est le nom du fichier contenant une séquence.

- banque est le nom de la banque de données utilisée pour la recherche .

- [ options ] est une liste d’options du programme FASTA facultatives. On peut trouver un récapitulatif de ces options à cette page.