Recherche avec blast

Le programme d’alignement blast (Basic Local Alignment Search Tool)

Les programmes BLAST effectuent une recherche rapide dans les banques de séquences nucléiques et protéiques combinée avec une estimation rigoureuse des statistiques pour apprécier la signification des similitudes.

Il existe trois programmes BLAST pouvant être utilisés. Ce sont des logiciels indépendants et même si une partie de leur code est identique, ils peuvent donner des résultats différents.

1 / NCBI-blast : National Center for Biotechnology Information (NCBI)

La commande d’exécution de ce programme est du type :

blastall -p blastn -d nr -i QUERY -o out.QUERY [options…]

Les arguments sont les suivants :

- - p nom du programme [chaîne de caractères]

Il existe 5 programmes blast possibles :

blastp compare une séquence de protéine contre un banque de séquences protéiques
blastn compare une séquence nucléique contre un banque de séquences nucléiques
blastx compare une séquence nucléique traduite en 6 phases contre un banque de séquences protéiques
tblastn compare une séquence protéique contre un banque de séquences nucléiques traduites en 6 phases
tblastx compare une séquence nucléique traduite en 6 phases contre un banque de séquences nucléiques traduites en 6 phases

- - d banque de données [chaîne de caractères] La banque spécifiée doit d’abord être formatée avec formatdb. De plus, les banques doivent se trouver dans le repertoire spécifié par la variable d’environnement BLASTDB (voir le fichier .ncbirc). Plusieurs banques peuvent être mentionnées en suivant la syntaxe suivante : -d "banque1 banque2"

- - i fichier à traiter [fichier]

La séquence contenue dans le fichier doit être au format FASTA. Si plusieurs séquences au format FASTA sont présentes dans le fichier, elles seront toutes traitées par le programme.

- - o fichier de sortie du programme blast [fichier] Optionnel

Par défaut, la sortie du programme BLAST s’effectue sur la sortie standard (l’écran). Il existe de nombreuses autres options qui peuvent être utilisées. Un récapitulatif se trouve à cette page.

2 / WU-blast : Washington University in St.Louis

Cette version de Blast a été développée par Waren Gish, un des auteurs de la version originale de BLAST. La commande d’execution de ce programme est du type : programme banque fichier [options…]

ou :
- programme est un des 5 programmes blast possibles : blastp, blastn, blastx, tblastn and tblastx (voir ci-dessus).

- banque est le nom de la banque de données utilisée pour la recherche( précédement formatée avec xdformat ).

- fichier est le nom du fichier contenant une ou plusieurs séquences au format FASTA.

- [ options ] est une liste d’options du programme BLAST facultatives. On peut trouver un récapitulatif de ces options à cette page.

3 / GCG -blast

La documentation du package GCG se trouve à cette page.