Banques de données

Le tableau ci-dessous décrit les banques de données disponibles sur le site ainsi que les noms sous lesquelles elles sont accessibles en fonction du programme utilisé :

nom de la banquedescriptionsyntaxe
WU-blastNCBI-blastGCG-blastFASTA
UniprotBanque protéique rassemblant SwissProt et Trembl. uniprotuniprotuniprotU
SwissprotProtéines annotées SwissProt swissprotswissprotswissprotS
TremblEnsemble des CDS présents dans la banque EMBL mais pas dans SWISS-PROT. trembltrembltremblT
PIR-Protein Séquences annotées de GenPept.--pir ( dec 2004)-
GenBank (all)Collection de toutes les sequences nucléiques annotées issues de publications.genbankgenbank--
GenBank sauf est, gss, htg et sts --genbank -
Genbank sauf est et gss---g
Genbank : uniquement est ---e
Genbank : uniquement est et gss---c
Genpept (protéique)Extraction automatique des entrées de GenBank. Elle est construite par extraction de toutes les caractéristiques CDS dans les annotations de GenBankgenpeptgenpeptgenpeptP
gbbct / gpbctGenBank / Pept : séquences bactériennesgbbct / gpbctgbbct / gpbct--
gbenv / gpenvGenPept/Bank : séquences d’environnementgbenv / gpenv gbenv / gpenv--
gbgss / gpgssGenPept/Bank : séquences d’aperçu du génomegbgss / gpgssgbgss / gpgss gbgss-
gbhtc / gphtcGenPept/Bank : séquençage élevé d’ADNcgbhtc / gphtcgbhtc / gphtc--
gbhtg / gphtgGenPept/Bank : séquençage génomiquegbhtg / gphtggbhtg / gphtg gbhtg-
gbinv / gpinvGenPept/Bank : séquences d’invertébrésgbinv / gpinvgbinv / gpinv--
gbmam / gpmamGenPept/Bank : séquences d’autres mammifèresgbmam / gpmamgbmam / gpmam--
gbpat / gppat GenPept/Bank : séquences brevetéesgbpat / gppatgbpat / gppat --
gbphg / gpphgGenPept/Bank : séquences de phagesgbphg / gpphggbphg / gpphg--
gbpln / gpplnGenPept/Bank : séquences de plantes gbpln / gpplngbpln / gppln--
gbpri / gppriGenPept/Bank : séquences de primatesgbpri / gppri gbpri / gppri --
gbrod / gprodGenPept/Bank : séquences de rongeursgbrod / gprodgbrod / gprod --
gbsts / gpstsGenPept/Bank : sites de séquences étiquetéesgbsts / gpstsgbsts / gpstsgbsts-
gbsyn / gpsynGenPept/Bank : séquences synthétiquesgbsyn / gpsyngbsyn / gpsyn --
gbuna / gpunaGenPept/Bank : séquences non annotéesgbuna / gpunagbuna / gpuna --
gbvrl / gpvrlGenPept/Bank : séquences de virusgbvrl / gpvrlgbvrl / gpvrl --
gbvrt / gpvrtGenPept/Bank : séquences d’autres vertébrés gbvrt / gpvrt gbvrt / gpvrt--
gbestest nucleotides sequencesgbestgbest gbest-